科学卫星综合运控中心是中国科学院国家空间科学中心为支撑空间科学先导专项、建设我国空间科学及其卫星工程项目的总体性研究机构而成立的管理与技术并重的机构之一, 是科学卫星在轨运行阶段的总体技术支持与管理、有效载荷管控,数据接收与处理,产品生成与长期保存,面向科学团队提供科学运行和数据服务的责任部门,是确保科学卫星在轨安全、可靠、高效运行的基础设施,是科学目标实现和科学成果产出的有力支撑,是开展国际合作和科学公众传播的重要窗口。其主要任务是研制科学卫星地面支撑系统、组织实施科学卫星在轨运行管理、发展航天地面应用技术。

        科学卫星综合运控中心由空间科学任务中心、空间科学数据中心和科学卫星地面接收站网组成。
空间科学任务中心         空间科学任务中心负责实施科学卫星在轨运行管理和有效载荷管控,对卫星任务进行综合规划与分析,制定可行的业务运行计划,编制有效载荷控制指令并发送到测控系统上行;完成卫星下行遥测数据、工程数据和科学数据的实时处理与监视显示;对有效载荷在轨状态和健康状态进行分析和评估;为任务运管提供决策支持,面向科学团队提供科学运行公共服务。依托单位为中国科学院国家空间科学中心。 空间科学数据中心         空间科学数据中心负责实施空间科学卫星任务数据全生命周期管理,开展科学卫星数据处理与产品生产,建立科学卫星数据库和数据档案系统,实施数据永久归档保存,面向科学团队及用户分发/发布科学数据产品,提供数据应用技术支持服务,面向公众开展公益性的科学传播,依托单位为中国科学院国家空间科学中心。 科学卫星地面接收站网         科学卫星地面接收站网负责空间科学卫星的跟踪和数据接收、数据记录和输出,建有密云接收站、喀什接收站和三亚接收站。依托单位为中国科学院遥感与数字地球研究所。